Nie wiem jak dokładnie wygląda kod Twojej strony (może wystarczy wyzerować margin/padding dla elementu 'body'), natomiast jeżeli chcesz usunąć marginesy z klasy .container, musisz ją nadpisać w jakimś własnym arkuszu stylów, pamiętając o tym by dodawać '!important', gdyż jest to potrzebne do nadpisania klas bootstrapowych. Przykład poniżej:
.container {
margin: 0 !important;
}
.container {
margin: 0 !important;
}